Im Auswahlverfahren werden jene Projekte als förderwürdig im Sinne des operationellen Programms erklärt, die ein hohes Potenzial aufweisen, die Programmziele zu verwirklichen und die der Grenzregion den größten Mehrwert zu einer sozial, wirtschaftlich und ökologisch verträglichen Entwicklung liefern.
Alle vollständig ausgefüllten Projektanträge (keine Projektentwürfe) nehmen am nächstmöglichen Auswahlverfahren Teil. Die Auswahl der förderfähigen Projekte folgt einem strukturierten Ablauf in 3 Phasen:

1. Formale Überprüfung
2. Förderfähigkeitsprüfung und
3. Qualitätsbewertung.

Der erste Schritt des Verfahrens zur Projektauswahl ist eine Überprüfung der formalen Vollständigkeit und Richtigkeit des Projektantrags, d.h. ob das offizielle, letztgültige Formular verwendet wurde, ob der Antrag zweisprachig ausgefüllt ist, und ob alle erforderlichen Informationen und Anhänge vorliegen. Die formalen Kriterien sind keine K.O.-Kriterien: Falls nötig wird dem Lead-Partner die Möglichkeit geboten, innerhalb einer gewissen Frist allfällige fehlende Informationen bereitzustellen. Falls der Lead-Partner nicht in der Lage ist, diese Informationen fristgerecht bereitzustellen, so kann der Begleitausschuss nicht über das Projekt entscheiden und der Projektantrag wird zurückgestellt.

Im zweiten Schritt wird die Förderfähigkeit der Projektanträge überprüft. Die Förderfähigkeitskriterien sind folgenden Kategorien zugeordnet:

• Relevanz (für die Ziele des Programms)
• Grenzüberschreitende Dimension
• Befolgung der relevanten Gesetzgebung
• Finanztabelle: Kalkulation ist korrekt, Angaben entsprechen den Förderfähigkeitsregeln und eventuell notwendige Nachweise liegen vor.
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Die meisten Förderfähigkeitskriterien sind K.O.-Kriterien, d.h. wenn ein Kriterium nicht erfüllt ist, wird das Projekt zurückgestellt und nimmt am aktuellen Auswahlverfahren nicht mehr weiter teil.

Um Zeit zu sparen, kann die Überprüfung der Förderfähigkeitskriterien gleichzeitig mit der formalen Überprüfung stattfinden (z.B. während nachgeforderte Informationen oder Dokumente noch ausständig sind).

Nur formal vollständige und förderfähige Projektanträge werden einer Qualitätsbewertung unterzogen. Dabei werden folgende Kategorien von Qualitätskriterien überprüft:

• Übereinstimmung der Projektinhalte mit den Zielen und Anforderungen des Programms*
• Klare, realistische Definition von Methoden, Management und Organisation
• Nachvollziehbarkeit des Budgets, erkennbarer Zusammenhang mit den Aktivitäten, Prinzip der Wirtschaftlichkeit und Sparsamkeit
• Regionale Bedeutung des Projekts*
• Erfüllung der Kooperationskriterien*
• Grenzüberschreitende Dimension der Partnerschaft
• Projektauswirkung in der Grenzregion*
• Vorkehrungen für Dauerhaftigkeit, gemeinsame Nutzung, Synergien

* 4 Qualitätskriterien sind K.O.-Kriterien. Ein Projekt, das eine dieser Kategorien nicht erfüllt, wird im laufenden Auswahlverfahren nicht genehmigt (d.h. entweder abgelehnt oder zurückgestellt).