Das Schema der Kofinanzierung (EFRE und nationale Kofinanzierung) hängt von Herkunft und Rechtsform der Partnerorganisation ab und ist in Kapitel 2.5 im Handbuch für Antragsteller und Projektträger dargestellt.

Im Rahmen des Programms zur grenzüberschreitenden Zusammenarbeit Slowakei-Österreich ist eine maximal  85%-ige Förderquote seitens des Europäischen fonds für Regionale Entwicklung (EFRE) möglich. Die nationale Kofinanzierung beträgt daher mindestens 15% des gesamten Projektumfangs und kann für österreichische Projektträger unter Umständen höher ausfallen. Die nationale Kofinanzierungsrate ist grundsätzlich zwischen Projektpartner und nationaler kofinanzierender Stelle individuell auszuverhandeln. Das Land Niederösterreich hat ein eigenes Bewertungsschema, nach dem die Höhe der Kofinanzierung ermittelt wird. Dieses ist unter der Webadresse http://www.raumordnung-noe.at/uploads/bewertungskriterien_etz.pdf ersichtlich.