Verwaltungsbehörde (VB) des Programms ist das Ministerium für Landwirtschaft und ländliche Entwicklung der SR. Die VB ist für eine erfolgreiche und ordnungsgemäße Umsetzung des Programms verantwortlich. Die VB vertritt das Programm bei der Europäischen Kommission (EK) und berichtet der EK jährlich über den Fortschritt des Programms.

Nationale Stelle, bzw. Regionalstellen in Österreich sind Vertreter der Bundesländer Niederösterreich, Burgenland und Wien. Die Aufgabe der Regionalstellen ist es, in Zusammenarbeit mit der VB eine effiziente Umsetzungs des Programms auf der österreichischen Seite sicherzustellen. Die Regionalvertreter beteiligen sich an der Erstellung der Rahmenbedingungen des Programms, indem Sie die nationalen Anforderungen an die Programmumsetzung vorbringen.

Begleitausschuss (BA) des Programms überwacht die Programmumsetzung und den -fortschritt bei Erreichung der festgelegten Ziele. Weiters ist der BA für die Projektauswahl zuständig. Die Mitglieder des BAs verfügen über eine relevante Expertise, Erfahrung mit territorialer Entwicklung, Kooperationsporgrammen und Netzwerken. Auf nationaler Ebene werden nur relevante Partner (staatliche oder regionale Behörden sowie unabhängige Vertreter der Zivilgesellschaft) in die Programmumsetzung, das Monitoring und die Evaluierung eingebunden. Die Liste der BA-Mitglieder kann hier heruntergeladen werden.

Gemeinsames Sekretariat (GS) erfüllt administrative und technische Aufgaben im Rahmen der Programmumsetzung und unterstützt die VB sowie die Nationale Stelle bei ihren Aufgaben. Das GS wird von der VB bestellt.

First Level Control (FLC-Stellen) kontrollieren und zertifizieren die Projektausgaben, die im Rahmen der Projektumsetzung Projektpartnern entstehen. Dies geschieht immer im Einklang mit den nationalen Gesetzen und Regulativen. Slowakische Projektpartner legen Ihre Ausgaben der FLC-Stelle im Ministerium für Landwirtschaft für ländlichen Entwicklung der SR vor, österreichische Projektpartner wiederum bei den zuständigen FLC-Stellen in Burgenland, Niederösterreich und Wien.