Európska komisia v máji 2018 predložila balík legislatívnych návrhov nariadení upravujúcich regionálny rozvoj a európsku kohéznu politiku po roku 2020.  Na základe týchto návrhov nariadení, a v zmysle princípu partnerstva, zriadil Monitorovací výbor Programu cezhraničnej spolupráce Interreg Slovenská republika – Rakúsko 2014-2020 pracovnú skupinu pre prípravu Programu cezhraničnej spolupráce Interreg Slovensko – Rakúsko 2021-2027  (Task Force (TF) SK-AT), ktorej hlavnou úlohou je usmerňovať a dohliadať na proces prípravy programu a programového dokumentu programu Interreg SK-AT 2021-2027.

Pracovná skupina TF SK-AT, tvorená zástupcami zúčastnených krajov, združení a ministerstiev z oboch strán hranice, sa po prvý krát strela v septembri 2020. V roku 2020 tím externých odborníkov, ktorí podporujú proces programovania, následne vypracoval záverečnú správu o územnej a sociálno-ekonomickej analýze, na základe ktorej boli v spolupráci s členmi pracovnej skupiny TF SK-AT pripravené predbežné návrhy strategických cieľov a návrh budúceho programu Interreg Slovensko – Rakúsko 2021-2027.

S cieľom identifikovať potencionálne negatívne vplyvy pripravovaného programu na životné prostredie prebieha v rámci prípravy programu Interreg Slovensko – Rakúsko 2021-2027 proces strategického environmentálneho hodnotenia (SEA) programu. 

Proces prípravy budúceho programu Interreg Slovensko – Rakúsko 2021-2027 prebieha vo všetkých krokoch v súlade s regulačným rámcom Európskej únie a návrhmi európskych nariadení platných pre programy cezhraničnej spolupráce Interreg. Značný dôraz je pritom kladený na skúsenosti zo súčasného, ako aj z predchádzajúcich programových období.